Sekretariat Kabinet
Sekretariat Kabinet (Setkab) adalah Unit Organisasi (UO) yang membantu Presiden dalam mengkoordinasikan dan memberikan dukungan administratif di organisasi. UO ini terdiri dari Biro Kesekretariatan dan Keuangan sebagai anggota, dengan Sekretaris Kabinet (Seknet) sebagai Pimpinan.
Menteri Koordinator Luar Negeri
Menteri Koordinator Luar Negeri (Menkolugri) bertugas mengoordinasikan dan mengendalikan Deputi Hubungan Luar, Kementerian Komunikasi dan Informasi, Kementerian Sosial Masyarakat dan Lingkungan Hidup, serta Kementerian Kajian Strategis. Menkolugri juga diberi wewenang khusus oleh Presiden untuk menjaga jaringan relasi dengan stakeholder USD dan eksternal melalui Deputi Hubungan Luar.
Menteri Koordinator Dalam Negeri
Menteri Koordinator Dalam Negeri (Menkodagri) bertugas mengoordinasikan dan mengendalikan Kementerian Sinergisitas Mahasiswa, Kementerian Riset dan Pengembangan Mahasiswa, serta Kementerian Advokasi Mahasiswa. Menkodagri juga diberi wewenang khusus oleh Presiden untuk menjaga relasi dengan ORMAWA USD dan mengadvokasi isu-isu kemahasiswaan demi kesejahteraan mahasiswa USD.
Biro Inspektorat
Biro Inspektorat bertugas membina, menyelesaikan permasalahan, dan mengawasi kinerja fungsionaris BEM Universitas Sanata Dharma, dengan tanggung jawab kepada Wakil Presiden dan Presiden. Biro ini memiliki wewenang khusus untuk menentukan sanksi, mulai dari teguran lisan hingga Surat Keterangan Demisioner, serta menegakkan kedisiplinan. Pembinaannya didasarkan pada nilai organisasi dan semangat Ignatian sebagai panduan tindakan bagi seluruh fungsionaris BEM.
Deputi Hubungan Luar
Deputi Hubungan Luar (Deputi Hublu) bertugas membantu Menkolugri dalam urusan luar negeri dan bertanggung jawab kepada Menkolugri. Deputi Hublu berwenang menetapkan kerjasama dengan pihak eksternal, dengan persetujuan Menkolugri, serta mengawasi produktivitas dan efisiensi kinerja Kementerian Komunikasi dan Informasi.